A FAE Blumenau oferece 6 cursos de Pós-graduação, estruturados em 26 disciplinas. Após a escolha da sua área de especialização, você, com o auxílio do coordenador, elabora sua grade de disciplinas de acordo com seus objetivos e interesses profissionais.
Na área de saúde a FAE Blumenau com parceria da Universidade São Francisco oferece o curso de pós-graduação em Periodontia, composto por 13 disciplinas.